Gegrėnų Jėzaus Nazariečio medinė bažnyčia pastatyta 1754 m. privačiose bajorų Venslauskių valdose. Bažnyčia pastatyta Mykolo Venslauskio šeimai ir giminei, tad pastatas nedidelis (19,9×12,7 m). XIX a. pradžioje bažnyčia perstatyta toje pačioje vietoje ir identiškos formos. Priekiniame kupole iškeltas metalinis saulutės formos kryžius su Venslauskių herbu.
Gegrėnų Jėzaus Nazariečio bažnyčia priklauso archajiškajam sakralinės architektūros tipui. Ji stačiakampio plano su trisiene apside ir zakristija dešinėje pusėje. 1850 m. simetriškai pirmajai pristatyta antroji zakristija. Fasadai bebokščiai, stačiakampiai langai užbaigti pusapskritėmis arkomis. Originalus ir retas šios bažnyčios interjero elementas – į apsidę atsiveriančios nedidukės fundatorių ložės.
Nors bažnyčia daug kartų remontuota, jos planinė struktūra ir vidaus erdvė beveik nepakito. Iš rašytinių šaltinių galima spėti, kad net šiandienis altorius menkai skiriasi nuo paties pirmojo. Didysis šventovės altorius ypatingas ne tik dėl savo autentiškumo, bet ir dėl įrėmintoje jo nišoje įkomponuotos Jėzaus Nazariečio statulos. Statula – unikali, garsėjanti stebuklais, anksčiau buvo perrengiama medžiaginiais drabužiais pagal liturginį laikotarpį. Tiek bažnyčios interjeras, tiek eksterjeras kuklūs. Svarbiausi yra trys mediniai barokiniai altoriai, išlikę nuo pat bažnyčios pastatymo.
1882 m. šventoriuje pristatyta varpinė, o 1888 m. – nauja klebonija. Prie bažnyčios veikė Švč. Sakramento brolija ir Maldos apaštalavimo brolijos skyrius, įkurtas Lietuvių moterų draugijos skyrius. 1940 m. įsteigta Gegrėnų parapija. Pokario metais sumažėjus gyventojų, kunigas Gegrėnuose nebegyveno.
