Dabartinė Pakutuvėnų bažnyčia yra pastatyta 1941-1943 m. Plungės klebono, prelato Povilo Pukio iniciatyva. 1941 m. buvo sudarytas bažnyčios planas, kurį braižė Kretingos apskrities inžinierius J. Zubkus. Plungės komendantūra skyrė 600 maišelių cemento bažnyčios grindims, Plungės burmistras Edvardas Misevičius, klebono prašymu, bažnyčiai skyrė 1200 maišelių rusų palikto cemento bei 27 geležinius balkius. Buvo nupirkta rąstų, iš Minijos upės privežta žvyro. Pasamdytas latvis meistras Edvardas Burkanas, kuris Švėkšnoje kaip tik statė seserų vienuolių ligoninę. Pakutuvėnų bažnyčia suplanuota 24 m ilgio ir 12 m pločio.
Statant bažnyčią pamaldos vyko klebonijos kambaryje. Kunigas Povilas Pukys klebonaudamas Plungėje, rūpinosi ir Pakutuvėnų bažnyčios reikalais. Kadangi Pakutuvėnų klebonijos kambarys buvo per mažas šv. Mišioms, susirūpinta laikinomis patalpomis liturgijai.
Tarpukario laikotarpyje antrajame Plungės bažnyčios šventoriaus gale ties vartais į Kretingos gatvę, buvo medinis namelis, kuriame buvo sukrautas bažnyčios inventorius (Pakalniškis A. Plungė. Chikago, Illinois, 1980, p. 141). Baigus statyti Plungės bažnyčią, joje atsirado vietos ir visiems daiktams susidėti. Namelis liko nereikalingas. Plungės parapijos komitetas jį kaip koplyčią atidavė Pakutuvėnams. Ji buvo parvežta į Pakutuvėnų kapines ir tenai pastatyta. Telšių vyskupo įgaliotas kunigas Povilas Pukys pašventino koplyčią, kurioje tuojau šv. Mišias pradėjo aukoti vietos klebonas.
1943 m. rugsėjo 26 d. J. E. Telšių vyskupas Vincentas Borisevičius naująją bažnyčią iškilmingai pakonsekravo. Bažnyčia turi klasicistinių bruožų, stačiakampio plano, su bokštu ir bokšteliu. Pradžioje buvo įrengti 3 altoriai, tačiau dabar belikęs vienas.
Dabar bažnyčią prižiūri broliai pranciškonai.
