Baznīca celta neoromāņu stilā, tai ir latīņu krusta plānojums, divi torņi. Pašreizējās baznīcas priekštece bija koka Sv. Jāņa Kristītāja baznīca (uzcelta 1797. gadā). 1899. gadā Pluņģē sāka rūpes par jaunas baznīcas būvēšanu. Būvdarbi tika pabeigti tikai 1933. gadā, un baznīcu tajā pašā gadā iesvētīja Telšu bīskaps J. Staugaitis.
Sv. Jāņa Kristītāja baznīcas ēku kompleksā ietilpst arī klasicisma stila zvanu tornis. Leģendas stāsta, ka 1861. gadā no tā tika nolasīts manifests par dzimtbūšanas atcelšanu, 1863. gadā sacelšanās dalībnieku uzsaukums, bet 1905. gadā pie torņa notika mītiņš pret cara varu.
